2016年7月27日蔡英文總統以華總一義字第10500080991號令，公布廢止施行近62年的中華民國紅十字會法。 針對象徵我國願意遵守日內瓦公約及國際紅十字運動之規範，並據以設立「中華民國紅十字會」的專法遭粗暴廢止，本會除召開記者會聲明立場、向台北高等行政法院提起「預防性不作為訴訟」，並透過立委連署向司法院聲請釋憲。本會亦隨後聲請釋憲。 但110年12月24日大法官以「看不出客觀上已具體指摘究竟有何牴觸憲法疑義」，決議不受理廢止中華民國紅十會法釋憲案，對此中華民國紅十字會深感不解及十分遺憾。 紅十字會是國際性的特殊組織，中華民國紅十字會不是特權團體。在國際認知上，「中華民國紅十字會」就是「台灣紅十字會」，並沒有因為本會不是IFRC的正式會員而不存在。紅十字會法遭莫名廢止，政府迄今無合法、正當的理由，而自詡民主、自由的台灣，也成為全世界第一個，也是至今唯一一個廢除「紅十字會專法」的國家。

因應會法存廢，本會於全台辦理6場次分區說明會。2016年6月2日參與立法院社福及衛環委員會召開之「紅十字會法專法存廢及其影響」公聽會，會中立委支持會法宜修不宜廢，政治大學外交系趙國材教授、東吳大學法律系李子文教授、國際聯合勸募組織陳文良總監等亦發言相挺，強調紅十字會法彰顯150年來國際紅十字運動對人道的堅持與貢獻。 為抗議人道工作遭汙名化，總、分、支會夥伴、志工及八八風災等受助民眾超過600人，2016年7月5日自發性沿台北市青島東路遊行至濟南路立法院群賢樓前遞交陳情書，表明「拒汙名，反廢法」訴求，呼籲理性看待專法，勿將會法存廢問題泛政治化。賴士葆等12名立法委員，亦到場表達支持。

枉顧本會無以數計的文宣及說明，2016年7月12日傍晚，立法院院會以45票贊同、9票反對，表決廢止自1954年10月18日制定公布的專法，總統於2016年7月27日正式公布廢止中華民國紅十字會法。國會以粗暴的多數、莫須有的罪名廢止專法，使得已有112年歷史、合法合憲的紅十字會因此蒙塵，這是台灣的不幸，更是國家的悲哀，在嚴峻的國際情勢下，也可能使得本會與國際間的合作與援助，受到不可回復之損害。

針對廢法，本會自2016年6月20日起成立「中華民國紅十字會法存廢因應小組」，截至年底共計召開8次會議。2016年7月14日本會向台北高等行政法院提起「預防性不作為訴訟」及聲請假處分，要求內政部不得於本案判決確定前，作成廢止中華民國紅十字會總會之立案登記及法人資格，亦不得許可本會以外之人設立「中華民國紅十字會」等，或其他含有或近似於「紅十字」名稱及標誌之組織，以維護紅十字會之法人資格、國際紅十字運動「一國一紅會」的統一原則及維護紅十字名稱及標誌的專用權。 另廢法行為有違反憲法第141條尊重條約規定、憲政慣例、憲法上制度性保障、第7條平等原則、第15條生存權保障及第23條比例原則等疑義，為避免造成人民權益、憲法基本秩序及公共利益不可回復之重大損害，2016年7 月15日由林德福等39名立法委員連署，依據司法院大法官審理案件法規定，聲請釋憲。本會亦於同月18日聲請釋憲。 110年12月24日大法官以「看不出客觀上已具體指摘究竟有何牴觸憲法疑義」，不受理「廢止中華民國紅十會法釋憲案」，中華民國紅十字會深感不解及遺憾。 多年來，紅十字會奉行人道主義，在社會大眾與輿論的監督下，虛心接受各界指教，永保初心，奮力執行人道工作，持續對社會弱勢群眾伸出援手。110年12月1日，內政部頒發本會「公益團體金質獎」，正彰顯了中華民國紅十字會捍衛人道的毅力與貢獻。