經過兩岸頻繁的往返聯繫，終於敲定於79年9月11、12日由當時雙方紅十字會秘書長陳長文先生與韓長林先生在金門簽訂協議，並獲兩岸當局認可據以執行，這就是兩岸交流之初，第一個兩岸認同並共同遵循的「金門協議」。

見證遣返原則及作業

　　為符合國際紅十字運動的基本原則，在金門協議中確立紅十字會主要扮演的角色與地位即是在擔任兩岸主管當局間的聯絡人，以及雙方主管部門執行遣返與接收作業時的見證人，以期在現時的政治環境下，謀求遣返作業的最大安全便利與符合人道的原則。

　　根據「金門協議」的遣返方式，舉凡違反有關規定進入對方區域的居民或刑事嫌疑犯與刑事犯，經一方將查獲的待遣返人士造冊後，經由兩岸紅十字會傳送到另一方主管部門，經查核無誤後，即訂出接收時間，並將偷渡客由基隆載運至馬祖，雙方於約定的時間在馬祖碼頭依冊點交，由兩岸紅十字會代表簽字見證人員的身分與健康情形等，再由對方以掛有白底紅十字旗幟的專用船載回福建馬尾，再分運至偷渡人士的原籍地。而前述雙方商訂之馬尾至馬祖的遣返交接地點，可依被遣返人員的原居地分布情況及氣候、海象的因素，經雙方同意得另擇廈門至金門作為遣返交接地點。